Hay que indicar en primer lugar la significación museística del edificio en sí, con un valor relevante dentro del conjunto de las obras de Manrique, por cuanto aglutina las características esenciales de su propuesta integradora ARTE-NATURALEZA / NATURALEZA-ARTE.

Hoy la función básica del edificio es la de museo. Las transformaciones que ha sufrido, dirigidas en su práctica totalidad por el propio César Manrique, han estado encaminadas a reciclar el edificio para su nueva finalidad de espacio museístico, susceptible de ser visitado.

La estructura de la construcción se mantiene en su estado original. Las modificaciones sufridas afectan a la "limpieza" de las paredes y de los espacios interiores para colgar obras pictóricas y colocar esculturas; a permitir la comunicación entre los dos niveles, que desde marzo de 1992 se hace por el exterior a través de una escalera de basalto, con el propósito de establecer un circuito que facilite la visita al museo; a la comunicación por el exterior del salón y la sala Espacios; y a la ampliación del antiguo estudio del artista, en orden a disponer de una sala en la que se expusiera una selección de su pintura. El jardín exterior y el mural fueron ejecutados por César Manrique entre finales de 1991 y comienzos de 1992, y todas las modificaciones fueron propuestas y supervisadas por el artista.

El museo acoge la colección de arte contemporáneo de la Fundación, que perteneció a su fundador;  tres salas dedicadas a César Manrique: obra pública (Espacios); apuntes de sus murales, diseños, esculturas móviles y cerámicas (Bocetos);  y, a la salida, una amplia selección de su producción pictórica (Colección Manrique).